Важно отметить признание Декартом возможной неоднозначности физической теории, что явилось следствием познания, каким способом бог реализовал данное физическое явление. Иначе говоря, соответствующая дедуктивным выводам теория оказывается лишь наиболее вероятной из числа возможных.

Иную позицию занимал Ньютон. Для него было важно однозначно выяснить с помощью экспериментов и наблюдений свойства изучаемого объекта и строить теорию на основе индукции без использования гипотез. Он исходил из того, что в физике как экспериментальной науке места для гипотез нет. Признавая небезупречность индуктивного метода, он считал его среди прочих наиболее предпочтительным.

Общим для Декарта, Ньютона и других исследователей природы этого времени было использование теологических аргументов. (Не случайно Ньютона иногда называет не только первым ученым, но и последним богословом.) Задача естествознания усматривалась в выявлении божественного плана творения природы. В этом заключалась специфика развития естествознания XVII века. Поскольку физика XVII века по необходимости вступала в противоречие с церковными догматами, церковь, отстаивавшая свою позицию различия небесной и земной физики, не могла остаться к этому равнодушно. Галилей был подвергнут церковным репрессиям за "Диалог о двух главнейших системах мира, птолемеевой и коперниковой", целью которых было стремление приостановить распространение коперниканских идей. Для Италии, выступавшей в числе лидеров научного прогресса, это имело негативные последствия - развитие физических идей было заторможено. В Англии ситуация сложилась иная. Р.Бойль обосновал концепцию, согласно которой естествознание выступает опорой религии, благодаря чему церковную реакцию удавалось сдержать. В целом же естествознание XVII века, отказавшееся от аристотелевских концепций, сочетает в себе опору на эксперимент, количественное измерение изучаемых явлений с аргументами теологического характера.