В школе мальчики учились хорошо , хотя сверстники часто подшучивали над ними . Они были очень похожи внешне, одинаково одевались и вдвоем тянулись ко всему новому и неизвестному. Единственной проблемой для Нильса было сочинение на свободную тему . Сочинения получались очень короткие , а предложения длинными и тяжелыми для понимания.

В 1903 г. Нильс успешно окончил школу и поступил в Копенгагенский университет, один из старейших университетов Европы. В университете Нильс учился довольно ровно, и запомнился всем как погруженный в себя медлительный юноша с большой головой, крупными чертами лица, таскавший с собой нечто вроде школьной сумки. Группа однокурсников Бора организовала кружок “Эклиптика”. В его состав входили братья Бор . На кружке студенты обсуждали проблемы философии и физики , и все очень быстро заметили, что Боры лучше всего выглядят тогда, когда выступают дуэтом.

Уже в Университете Нильс Бор обнаружил в себе тягу к исследованию загадок атомарной структуры вещество , а Харальд Бор проявил в себе наклонности к математике. В 1907 году Нильс окончил университет и начал работать над магистерской диссертацией . Интересен факт , что работа над ней затянулась очень надолго , потому что он никак не мог покончить с экспериментальной частью , так как постоянно ставил все новые и новые опыты. Отец Бора , видя что его сын закопался слишком глубоко для магистерской оправил сына к тетушке , где тот смог спокойно дописать теоретическую часть. Она была посвящена вопросам тепло- и электропроводности металлов , их магнитным и термоэлектрическим свойствам на основе электронной теории металлов , разработанной Лоренцем. Защита прошла очень успешно и , хотя Нильс остался не очень доволен масштабами магистерской , получение степени магистра окрылило его и он сразу же сел за докторскую . Через день после защиты в жизни Нильса случилось еще одно знаменательное событие. На вечере у Нерлунда(с Нерлундом они сдружились в кружке “Эклиптика”) он познакомился с его сестрой Маргаретт. Нильс и Маргаретт потянулись друг к другу и судьба Бора как семьянина была решена в эти дни . И в работе над докторской у Нильса появился еще один стимул для работы - чисто душевный подъем . Он озаглавил ее “Анализ электронной теории металлов “ . По ряду вопросов работа была выполнена полностью, но в отношении магнитных свойств металлов возникли определенные трудности . Он перечитал всю литературу , которая была написана к тому времени и пришел к выводу , что при существующем уровне развития электронной теории логичного объяснения магнитных свойств не существует . Защита Нильса прошла блестяще 13 мая 1911 года , однако ее не увидел отец Бора , который умер 3 февраля 1911 года. В сентябре этого же года молодой доктор отбывает на годичную стажировку в Англию. Ее назначение - работа в Кавендишской лаборатории в Кембридже.