Что же происходило в квантовой науке в предвоенные годы?. В 1930 году Бор прочитает лекцию в Лондонском химическом обществе , в которой говорит весьма пророческие слова : “ .в атомной теории , несмотря на достигнутые успехи , мы должны быть готовы к новым сюрпризам ”. И сюрприз не заставил себя ждать. Началось интенсивное исследования атомного ядра, которое привело к рождению ядерной физики. Уже в 1930 году была предложена протонно-нейтронная модель ядра , позже Ферми обнаруживает нейтрино , а дальше буквально обрушивается поток новых открытий. 1934 год Кюри открывают искусственную радиоактивность, Юкава вводит идею о мезонах, Ферми регистрирует искусственную радиоактивность при бомбардировке тяжелых элементов нейтронами. Копенгагенский институт больше не мог оставаться в стороне от проблем ядра. Датчанами было собрано 100 тысяч крон на которые купили 0.6 грамма радия и подарили Институту теоретической физики на 50 -летие Бора. В 1938 году в институте был построен I-ый циклотрон в Европе. Как только начались опыты по бомбардировке тяжелых ядер, как только стали поступать результаты опытов от Ферми, Жолио-Кюри, Фриша в атмосферу физики был запущен дух предчувствия открытия. Бор писал: “Все были полны предчувствия , что физика стоит на пороге новой эры”. В 1939 году у Бора собрались Метнер , Фриш, Плачек и Розенфельд. В результате обсуждения данных проведенных экспериментов они делают вывод: “Столкновение нейтрона и ядра может привести к взрыву всего ядра с большим выделением энергии .Однако использование этой энергии в практических целях стоит под большим вопросом”. Их прогноз оказался ошибочным . Уже в марте этого же года Энрико Ферми докладывал правительству США о том, что создание атомного оружия является задачей осуществимой , при условии если U235 , которого в U238 1% будет отделен от последнего. Достижения ядерной физики были очень опасными и сразу перешли в разряд сверхсекретных.

Ко всему прочему обстановка в Европе обострилась до предела. Германией была захвачена большая часть стран Европы , в которых был установлен фашистский режим. Проводить исследования на оккупированных территориях было тяжело и небезопасно. 28 сентября 1940 года пришло известие о том , что из Берлина ждут приказа об аресте Нильса и Харольда Боров . Видя такую ситуацию Боры покидают родину и переезжают в Англию , до которой Гитлер не добрался. В Англии Бор экстренно встречается с английскими коллегами . После анализа данных английских и американских ученых становится ясно: При текущем уровне понимания структуры ядра , создание ядерного оружия становится лишь делом лишь технической и конструкторской реализации. Буквально сразу американское правительство, приглашает Нильса Бора и его сына Оге Бора к себе в лабораторию. Опасения того, что немцы реализуют смертельный проект раньше других были очень сильны, ибо в таком случае исход войны в Европе был бы непредсказуем для всей планеты, посему Бору в условиях сверхсекретности были переправлены в штаты.

Лаборатории по созданию атомной бомбы были размещены в Лос-Аламосе. Американцы собрали лучшие научные силы: Ферми, Бете, Чедвика, Фриша, Комптона, Сцилорда. Роль руководителя, главного аналитика исполнял Николас Бейкер - так теперь звали Бора . Работы проводились в условиях строжайшей секретности , тратились огромные средства и 16 июля 1945 года в штате Нью-Мехико была взорвана первая в мире атомная бомба. Результаты испытания были ужасающими , которые американцы не замедлили продемонстрировать в Хиросиме и Нагасаке. “Все ученые Лос-Аламоса испытывали чувство вины. Мы сделали работу за дьявола” - вспоминает впоследствии Энрико Ферми. Еще в 43 году Бору и Эйнштейн прилагали нечеловеческие усилия по предотвращению бомбардировок, но ни Рузвельт ни Трумэн не захотели услышать голос благоразумия. 11 августа 1945 года Бор выступает в газете “Таймс” , где он обвиняет штаты в нецелесообразности использования ядерных бомбардировок в Японии и призывает всех к международному контролю над новым видом вооружения. В последующие годы он очень много внимания уделял этой проблеме, несмотря на рост холодной войны и гонки вооружения.