Рентген прекрасно понимал большое научное, медицинское и технологическое значение своего открытия. Однако, ему чужда была всякая мысль о его денежной эксплуатации. Результаты исследований, полученные в университетской лаборатории с помощью общедоступных средств, должны были свободно использоваться всеми. Рентген решительно отверг предложение Берлинского всеобщего электрического общества передать ему за высокую сумму право на использование патентов всех его будущих физических открытий в технических целях. Он не думал также ни о каких охранительных правах на технику его опыта. Рентген не собирался практически реализовать свое открытие.

Через четыре года после своего открытия Рентген получает приглашение в университет Мюнхена. Перед этим он отклонил приглашение университета в Лейпциге. В Мюнхене Рентген оставался до конца своей жизни, несмотря на многочисленные административно-академические неприятности. Он был директором Физического института университета и одновременно руководил Государственным Физико-метрономическим собранием. В 1904 году Рентген отклонил предложение возглавить Имперский физико-технический институт в Берлине. Через семь лет он точно так же отказался от Берлинской Академии наук.

В 1901 году первым из ученых мира Вильгельм Конрад Рентген получил Нобелевскую премию по физике. Две другие Нобелевские премии за достижение в естественных науках – по химии и медицине – также были присуждены ученым, работавшим в Германии. Для принятия премии исследователь ездил в Стокгольм. Нобелевская премия была вручена ему 10 декабря 1901 года. Денежная сумма, связанная с премией, была передана Рентгеном по завещанию университету, в стенах которого было сделано его открытие. Проценты должны были служить прогрессу научного исследования, но из-за инфляции в 1923 году вклад обесценился.

При вручении премии Рентгену, произошел необычное событие. Рентген единственный лауреат в истории Нобелевского фонда, который вопреки ожиданиям не читал доклада. При своей личной скромности и замкнутости Рентген был откровенно обрадован возможности избежать произнесения перед всем миром речи о себе и своем достижении. Он считал, что все основное о своем открытии он исчерпывающе изложил в трех статья. Отказ Рентгена, от нобелевского доклада послужил причине распространения слухов, утверждающих, что он будто бы несамостоятельно сделал открытие, отмеченное Нобелевской премией, поэтому уклоняется от обнародования его истории. Позднее такого рода клевету с особым рвением распространял Филипп Ленард, приписывавший себе главную заслугу в обнаружении рентгеновских лучей. Дело доходило до курьезов: подлинным первооткрывателем Х-лучей называли даже механика Вюрцбургского института, который якобы первым заметил свечение экрана в ночь открытия и обратил на него внимание Рентгена. До последнего года жизни великий исследователь должен был защищаться от подобных подозрений.

В течение четверти столетия, последовавший за выходом в свет его трех сообщений, Рентген опубликовал лишь немногие труды: в общей сложности около семи. По его собственным словам, в обращении с пером он был «с давних пор тяжел на подъем». Кроме того, он был сверхоснователен. Он хотел отдавать в печать только «хорошо отточенные слова». Таким образом, список его публикаций содержит не более 60 работ.