В Мюнхене у Рентгена была городская квартира. Но с 1904 года он большую часть года жил в своем деревенском доме в Вейльгейме, в 60 километрах от города. Оттуда он ежедневно ездил в свой институт по железной дороге. В созданном им физическом коллоквиуме он сам принимал участие лишь изредка. Специальные заседания и собрания Общества немецких естествоиспытателей и врачей после своего великого открытия он не посещал вообще. Этим объясняется то, что знаменитый физик лично не был известен своим молодым коллегам вне Мюнхена. В 1920 году 75-летний ученый был освобожден от своих административных обязанностей профессора и директора института. Руководство Физико-метрономическим собранием оставалось за ним и он все так же регулярно приходил в институт, где мог располагать двумя комнатами для собственных исследований.

Одним из его аспирантов, который у него защитил диссертацию в 1905 году, с редкой оценкой «summa cum laude» («с наивысшей похвалой»), был советский физик А.Ф. Иоффе. В месте с ним Рентген исследовал физику кристаллов. Сам Рентген, по словам его коллег высоко ценил сотрудничество с Иоффе. В 1920 году он опубликовал свою последнюю работу – обширную рукопись по физике кристаллов, которая обобщала исследования, начатые им совместно с Иоффе. По мнению Иоффе, этот монографический труд является образцом того, что Рентген понимал под «изложением фактов». После окончания войны знаменитый ученый остался в полном одиночестве. Приемная дочь, племянница его жены, больше не жила у него. Спутница его жизни, за которой он самоотверженно ухаживал во время ее многолетней мучительной болезни, умерла в 1919 году, сам Рентген тяжело перенес эту утрату.

В 1923 году 10 февраля обессиленный истощением, умер от рака Вильгельм Конрад Рентген. Его прах был погребен в Гисене. Следуя указанию в завещании, распорядители сожгли все, что было найдено из оставшейся от него переписки и неопубликованных рукописей. При этом, к сожалению, были сожжены написанные совместно с Иоффе и неопубликованные работы, и множество лабораторных тетрадей русского физика.

Открытие Рентгена разом распахнуло перед физической наукой двери в новый мир и одновременно поставило перед теорией совершенно новые задачи. Наряду со своим воздействием на технику и медицину оно имело глубочайшие теоретические последствия. Если и не каждое из последующих достижений было непосредственно связано с ним, то все же лишь немногие великие открытия продолжительное время оставались в стороне от рентгеновских лучей. Создание учения об атомной оболочке и исследование решетчатой структуры кристаллов были бы без них невозможны. Обнаружение радиоактивности было непосредственно стимулировано первым сообщением Рентгена о его открытии. Открытие Рентгена послужило толчком для отказа физиков от механистического представления и природе. Механистическая картина природы еще раньше – в отдельных случаях – подвергалась сомнению, теперь ее недостаточность выявилась со всей очевидностью. Рентгена можно назвать совестью экспериментальной физики, он ярчайшим образом олицетворял собой тип эмпирически работающего естествоиспытателя, внимательного и трезвого наблюдателя природы. Сегодня рентгеновские лучи применяют во многих отраслях науки и техники, например: рентгеновская астрономия, рентгенография, рентгенология и т.д.